A região onde hoje está situada a cidade de Miranda começou a ser palmilhada pelos espanhóis ainda no século XVI. Aleixo Garcia, náufrago da expedição de Juan Dias Solis, viveu por cerca de oito anos entre os índios da Ilha de Santa Catarina, tendo ouvido falar de uma região onde havia muita prata, o atual Peru. Em 1525 Aleixo organizou uma expedição com centenas de índios e, partindo da ilha, atravessou a região onde hoje são os estados de Santa Catarina e Paraná, entrando no atual Mato Grosso do Sul, ultrapassando a Serra de Amambai/Maracaju e descendo o rio Miranda até alcançar o rio Paraguai. Adentrando o território onde hoje é a Bolívia, conseguiu prata e cobre, mas não sobreviveu à viagem de retorno. Assim, Aleixo Garcia foi o primeiro europeu a passar por esta região.

Mais tarde os espanhóis tentaram assegurar a posse de toda a região onde atualmente se encontra o Mato Grosso do Sul com a fundação da cidade de Santiago de Xerez, por Ruy Dias de Gusman, erigida inicialmente nas proximidades da confluência do rio Ivinhema com o rio Paraná, em 1593, porém posteriormente transladada para a margem do Aquidauana, por Ruy Dias de Melgarejo. Com o acirramento do bandeirantismo, no início dos anos seiscentos, e com a destruição do Guairá, em 1628, jesuítas e bandeirantes se voltam para a região conhecida como Província Teocrática do Itatim, com vistas nos últimos povos Guarani da região.

O Itatim era uma região compreendida entre os seguintes limites naturais: a leste, a Serra de Maracaju, a oeste o rio Paraguai; ao sul o rio Apa e ao norte o rio Taquari. A palavra Itatim tem sua origem na língua guarani (ita = pedra e tin, contração de morotin = branca) e seu significado é Pedra Branca.

A despeito das experiências prévias com os Itatim aldeados anteriormente, os jesuítas começaram a catequese no Itatim em 1632, com a redução de índios Ñuara, que ocupavam o rio Miranda, na missão de San Jose de Yacaroy. Todavia, logo depois, com o apoio dos colonos de Xerez, uma bandeira comandada por Ascenso Quadros assaltou várias aldeias na região, causando uma série de prejuízos. Mesmo assim, a obra missioneira continuou e, depois de muitos reveses, logrou algum progresso, até que, em 1647, Antônio Raposo Tavares, acompanhado por André Fernandes, desestabilizou as Missões do Itatim.

Procurando impedir o avanço espanhol em direção às minas de Cuiabá, onde fora descoberto ouro em 1719, pelo bandeirante paulista Pascoal Moreira Cabral, fundou-se um presídio, mais tarde transformado em Forte Coimbra, abaixo da embocadura do Mbotetei, em 1775. Um ano mais tarde, João leme do Prado faz o reconhecimento dos rios da região, encontrando vestígios de Santiago de Xerez nas proximidades da confluência dos rios Mbotetei (Miranda) e Arariani (Aquidauana).

O rio Mbotetei passou a ser o rio Mondego, nome dado por João Leme do Prado. Em 1778 João Leme do Prado foi enviado novamente a região para sua povoação. O governador da província era Luiz de Albuquerque de Melo Pereira e Cáceres A finalidade de povoar a região era de evitar que os espanhóis tentassem de novo entrar em terras brasileiras pelo rio Mondego.

Após realizar longas viagens no rio Mondego, João Leme do Prado e um grupo de pessoas desembarcaram na margem direita do rio (atualmente próximo à ponte do rio Miranda), escolhendo um sítio razoavelmente limpo para iniciar uma povoação e futuramente erguer um presídio. Estavam lançados os alicerces da vila Mondego (Miranda), precisamente no dia 16 de Julho de 1778.

Em 1797 o Capitão Francisco Rodrigues do Prado foi encarregado da missão da fundação e construção do Presídio (fortificação), tendo escolhido o mesmo local onde, dezenove anos antes, seu irmão dera início à colonização da região e fundado o povoado de Nossa Senhora do Carmo do Rio Mondego. Francisco Rodrigues do Prado desembarcou no povoado de Mondego em 15 de outubro e no dia 20 de outubro escolheu o local da construção do Presídio, 600 metros da beira do Rio Mondego, para fugir aos efeitos das inundações. Doze dias foram suficientes para a desmate, limpeza do terreno, construção de ranchos para abrigo dos trabalhadores. A seguir, como era do estilo, para assinalar o inicio dos trabalhos, o comandante da expedição Francisco Rodrigues do Prado plantou a primeira estaca da paliçada e hasteado o pavilhão das quinas. O dia 03 de Novembro foi à data da fundação do Presídio de Miranda, 19 anos depois da fundação do povoado.

O novo povoado crescia vagarosamente, lutando, sobretudo contra a falta de melhores meios de navegação pelo rio Mondego (atual rio Miranda), sobrevivendo apenas pelo ideal daqueles que lançaram suas fundações. A manutenção do povoado era penosa, mas, de qualquer maneira, avançava em progresso, haja vista, que em 1797, quando foi construído o presídio, o número de casas de adobe (tijolo cru) e pau a pique se elevava a mais de 40 (quarenta), todas cobertas de telhas, já algumas obedecendo a um traçado de rua cuja principal denominava de rua “Nossa Senhora do Carmo”, (atualmente rua do Carmo), bastante extensa, indo mesmo atingir a margem do rio. O povoado contava com mais de 500 habitantes, entre os quais razoável número de índios pacificados. Entre as edificações existentes, destacava-se a igreja de adobe sob a invocação de Nossa senhora do Carmo, mais tarde elevada a categoria de Matriz.

Já em 1834 Miranda atrai famílias oriundas do norte de Mato Grosso, entre elas estão os principais empreendedores da época, como: Alves Ribeiro, João Prado, João da Costa Lima, José Gomes Caetano Albuquerque e Salvador Santos.

Por vários anos Francisco Rodrigues do Prado, empenhou-se em conseguir a elevação da localidade à categoria de Vila, o que foi conseguido somente em 30 de Maio de 1857, por Lei Provincial, recebendo, então o nome de Miranda, em homenagem ao ex- Governador da Província de Mato Grosso Caetano Pinto de Miranda Montenegro.

A Fazenda Imperial (Betione) começou a ser instalada em 1853, por determinação do Imperador D. Pedro II, para abastecer as guarnições militares da região, tendo sido definitivamente organizada em 1857.

O progresso que vinha sendo conhecido pela vila de Miranda foi bruscamente cortado com a Guerra do Paraguai. Depois de ser pressionado pelo Brasil, Uruguai e Argentina, obedecendo jogada política da Inglaterra, o Paraguai invadiu a Argentina e o Brasil.

Os homens de Francisco Izidoro Resquim, num total de cinco mil soldados, invadiram Mato Grosso, com uma coluna chagando até Miranda. A invasão se deu em 28 de dezembro de 1.864, por Bela Vista, tendo as tropas paraguaias chegando à vila de Miranda em 12 de janeiro de 1.865, causando destruição e se apropriando a maioria do gado e cavalos existente na Fazenda Imperial do Betione.

Importantes nesse período foram os índios da região que, influenciados e exercitados pelo furriel Pires e por Vilas Boas, procuravam por meios estratégicos de que dispunham hostilizar os invasores, obrigando-os a ficarem constantemente em alerta.

Frei Mariano de Bagnaia refugiou-se com os paroquianos às margens do rio Miranda na localidade chamada Salobra. Como tivesse cuidados pela sua paróquia de Miranda invadida, Frei Mariano saiu do esconderijo e tentou implorar clemência. Nada conseguiu, pelo contrário, foi preso e levado a Nioaque, depois para as margens do rio Apa e em seguida para Assunção. Graças a sua nacionalidade, italiana, anos mais tarde foi solto, tendo falecido na cidade de Campos Novos Paulista, interior de São Paulo.

Por Lei Provincial de 07 de Outubro de 1871 a Vila de Miranda foi elevada à categoria de Município de Miranda, pertencendo-lhe ainda todo o território que hoje compreende os municípios de Aquidauana, Rio Brilhante, Dourados, Ponta Porã, Nioaque, Amambaí, Bela Vista, Porto Murtinho, Bonito, Paranaíba, Jardim, Guia Lopes da Laguna e Três Lagoas, sendo então o maior município de Mato Grosso, em extensão territorial, no Sul da Província (Estado).

Se nos primeiros 150 anos de existência de Miranda o rio foi meio de transporte e que teve sua construção iniciada em 1905 na cidade de Bauru, passando por algumas mudanças em seu traçado nos anos de 1907 e 1908. Segundo o traçado definitivo, a ferrovia deveria chegar até Corumbá, na fronteira sul-mato-grossense com a Bolívia, o que só ocorreu na metade do século. Em 1914, foi concluído o trecho principal, ligando Bauru às margens do rio Paraguai, no local chamado Porto Esperança; o trecho restante, até Corumbá, somente foi concluído em meados da década de 195o.

A estação de Miranda foi inaugurada em 31 de dezembro de 1912, tendo sido restaurada, primeiro pela Prefeitura Municipal e depois pelo Governo do Estado, abrigando hoje as secretarias de Turismo, Meio Ambiente e Recursos Hídricos; e de Habitação, assim como o Departamento Municipal de Trânsito – DEMUTRAN.

Com as mudanças em relação à Estrada de Ferro, ganhou importância a BR-262, que faz a ligação Corumbá/Bolívia e a região Sudeste do Brasil.